Die Abstammung des Alpakas ist bis heute noch umstritten.

Als gängigste Lehrmeinung wurde bisher das Guanako und das Vikuna als Vorfahr angesehen, weil es anhand morphologischer Untersuchungen zu diversen Übereinstimmungen der beiden Tiere kam.

Neuesten DNA Untersuchungen zufolge wird das Vikunia wiederum als Vorfahr angesehen.

Aufgrund dieser beiden Untersuchungen zufolge wird heute die Meinung vertreten dass das Alpaka auf beide Wildformen zurückzuführen ist.